Snake se acompaña de Ocelot, un viejo amigo que lo salvó del ataque cuando por fin despertó. Ahora, el ex socio de Snake Kazuhira Miller se encuentra detenido por las fuerzas soviéticas en Afganistán. Snake debe llevar a cabo una misión en solitario para rescatar a Miller y demostrar al mundo que el legendario mercenario no está muerto y enterrado.